Независимо от того, что обособленные подразделения организации находятся на территории одного муниципального образования или территориях нескольких муниципальных образований, подведомственных одному или нескольким налоговым органам, организация обязана подать в налоговый орган по месту своего нахождения сообщение о создании каждого обособленного подразделения.

Если несколько обособленных подразделений организации находятся в одном муниципальном образовании, городах федерального значения Москве и Санкт-Петербурге на территориях, подведомственных разным налоговым органам, компания вправе выбрать налоговый орган для постановки на учет. Сведения об этом она должна указать в уведомлении, которое направляет в налоговый орган по месту своего нахождения. Такие разъяснения даются в письме Минфина России от 02.09.2011 № 03−02−07/1−314